医院以人体器官和系统为中心设置、以国家级重点学科和国家临床重点建设专科为核心，组建成立心血管医院、神经精神医院、眼耳鼻喉医院、消化医院、泌尿肾科医院等5大“院中院”。这一重大改革创新举措，不仅实现了“内外兼修”“强强联合”，更能以器官和系统为中心，向“精而强”的方向发展，向人民群众提供更加优质、高效、精准、便捷的“一站式”集成健康医疗服务，为集中医院优势学科打造特色学科群、打造国家及区域一流医疗中心奠定坚实

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康复科

近年来，医院科研团队连续在国际顶级期刊《自然》《细胞》发表研究成果，揭示阿尔茨海默病主要病因、研发帕金森病早期精准诊断方法，开创湖北临床医口先河；在全球率先研发内镜质量改善人工智能监测系统“内镜精灵”，引发国际高度关注。

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普通外科

医院把公益性鲜明地写在医院发展的旗帜上，全国首创“托管联合协作合作支援”等5种医联体模式，推动优质医疗资源扩容下沉和区域均衡布局。北到新疆，南到海南，医院紧密型医联体单位超过100家，专科联盟超1000个，每年有近千万患者从中受益。医联体建设成果，获得包括党和国家领导人和各级党委政府及基层群众广泛“点赞”。

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外科

医院定期选送专业技术骨干前往纽约哥伦比亚和康奈尔长老会医院、美国哈佛医学院、美国克利夫兰医学中心、美国斯坦福大学、美国西北大学、约翰·霍普金斯大学、伦敦大学学院、英国爱丁堡大学、德国雷根斯堡大学医院、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院、中国医学科学院北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院等国内外知名医疗卫生机构及大学进修学习。

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检验科

医院为国家住院医师规范化培训基地及临床技能模拟培训中心。为暨南大学第二临床医学院博士后创新实践基地。医院呼吸与危重症医学科为国家首批专培基地。医院现有内科学、外科学、妇产科学、儿科学等24个教研室。已培养硕士生1160余名、博士生80余名，本科生450余名。每年招收临床实习生200余名，进修生200余名。

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免疫科

医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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