2015年起全面实施亚专科培养模式，已建立甲状腺乳腺疾病、淋巴造血系统疾病、胃肠消化系统疾病、女性生殖系统疾病、呼吸系统疾病、泌尿及男性生殖系统疾病、头颈部病理、中枢神经系统疾病、软组织肿瘤、皮肤病理、骨组织病理、细胞学、器官移植病理、分子病理等病理亚专科，其中乳腺疾病和感染疾病病理亚专科为中华医学会病理分会亚专科学组委员单位，脑胶质瘤和呼吸系统疾病亚专科为中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会亚专科委员单位。已形成了一个较为完善的病理形态—免疫组化—分子病理综合病理诊断平台，满足了临床个体化治疗

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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医院在“国考”及四大全国医院排行榜中稳中有进，2022年最高位列全国第7位。2022年度中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）”排行榜中，医院3大学科排名全国前10，科技产出排名全国医院第3名。2022年度《中国医院创新转化排行榜》上，医院荣获“全国进步最快榜单第1名”“专利授权量榜单第7名”“专利申请量榜单第8名”等多个全国前十奖项。

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近年来，医院在省卫生健康委党委的坚强领导下，秉承“仁爱、卓越、奉献、创新”的核心价值观和“关爱生命、患者至上”的服务理念，以“建高峰、强厚度、集团化”为一条主线，紧扣“以患者为中心、以员工为核心”的两个基本点，各项事业保持健康快速发展，医院核心竞争力和品牌影响力不断提升，先后获得全国文明单位、全国平安医院、全国优质医疗服务示范医院、全国服务改善示范医院、全国管理创新医院、杭州亚（残）运会先进集体等荣誉称号，被选树为全国首批公立医院党建示范医院，在最新公布的2022年国家三级公立医院效绩考核中排名第25，连续5年位列A+序列。

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医院与德国纽伦堡大学医学院、不莱梅港中心医院、英国伦敦大学、英国爱丁堡大学、加拿大西大略大学器官移植中心、美国休斯敦卫理公会医院、法国里尔大学医疗中心、韩国全南大学校病院、韩国大田宣医院、南非开普敦大学格鲁特舒尔医院建立起长期合作与交流平台，缔结友好医院。

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