医院以人体器官和系统为中心设置、以国家级重点学科和国家临床重点建设专科为核心，组建成立心血管医院、神经精神医院、眼耳鼻喉医院、消化医院、泌尿肾科医院等5大“院中院”。这一重大改革创新举措，不仅实现了“内外兼修”“强强联合”，更能以器官和系统为中心，向“精而强”的方向发展，向人民群众提供更加优质、高效、精准、便捷的“一站式”集成健康医疗服务，为集中医院优势学科打造特色学科群、打造国家及区域一流医疗中心奠定坚实基础。

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儿科

医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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肾内科

医院入选“国家疑难病症诊治能力提升工程”“国家中西医协同旗舰医院”，是国家首批“外科基础技能提升项目基地医院”。心血管内科学为国家级重点学科，心血管内科、消化内科、肾病内科、神经内科、胸外科、神经外科、耳鼻咽喉-头颈外科、精神医学科、眼科、检验医学科、临床护理为国家临床重点专科。临床医学一级学科为湖北省重点学科，心血管疾病专科（心内科、心外科）、神经疾病专科（神经内科、神经外科）、眼科为武汉市建设国家医疗服务中心的国家或省级重点建设专科。

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泌尿外科

医院配备有大批高端医疗设备，包括德国西门子核磁共振、荷兰飞利浦超高端四维彩超、美国GE彩色多普勒超声仪、意大利数字减影血管造影机、DR数字照相系统、日本奥林巴斯高清晰电子胃肠镜、美国伟伦胆道镜、德国狼牌胸腔镜、日本全自动生化分析仪、美国雅培全自动化学发光分析仪、高档全套手术设备等，为患者提供准确、便捷的检查和治疗。

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神经内科

医院拥有博士后工作站1个，博士生培养点4个（骨科学、重症医学、泌尿外科、麻醉科），硕士生培养点31个；拥有“十二五”、“十三五”省级临床培育专科7个，省级临床特色专科4个；市级临床医学重点学科23个、重点建设学科5个。

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心血管内科

病理科年病理量13万余例，其中常规活体标本检查7万余例，术中快速冰冻病理学检查8000多例，院外疑难病理会诊4000多例，细胞病理学检查近5万例，医疗辐射能力覆盖全国32个省、市、自治区、直辖市。近年来，全面重塑临床服务能力，保证病理诊断准确规范及时：常规诊断报告准确率99.91%，术中快速诊断准确率98.09%，常规病理报告3个工作日内发出比例97.45%，均超过三甲医院标准。始终把质量控制工作作为科室的首要工作之一，近年来参加NordiQC、PQCC、CNAS、CCPI、CCP、湖北省病理科医疗质量控制中心等组织的相关室间质评，通过率100%，已获得国际级、国家级及省级质量控制认证88项。

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