2021年国自然立项31项，其中面上项目13项，青年基金项目18项，资助经费达1172万元，连续三年位居全市医疗卫生机构第一。2021年医院以第一作者或通讯作者共发表SCI学术论文总数426篇，其中中科院一区59篇，中科院二区159篇；以第一作者单位或通讯作者单位发表自然指数期刊9篇。2022年以我院为第一或通讯SCI论文共497篇，总影响因子3638；其中，中科院1区论文77篇，2区论文177篇，自然指数期刊4篇，在LANCET MICROBE，The Lancet. Infectious diseases，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，Molecular cancer等高水平期刊上发表数篇论文。

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医院拥有3个广东省工程技术研究中心、4个研究所、6个深圳市医学重点实验室、5个深圳市工程技术研发中心，是国家级临床药物试验机构，干细胞临床研究机构，国家医疗器械试验机构。医院与广州呼吸健康研究院钟南山院士呼吸疾病团队等25家知名学科团队签订“三名工程”合作协议。

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医院定期选送专业技术骨干前往纽约哥伦比亚和康奈尔长老会医院、美国哈佛医学院、美国克利夫兰医学中心、美国斯坦福大学、美国西北大学、约翰·霍普金斯大学、伦敦大学学院、英国爱丁堡大学、德国雷根斯堡大学医院、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院、中国医学科学院北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院等国内外知名医疗卫生机构及大学进修学习。

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近十年来，医院承担了国家及省部级科研项目1500余项，获科技成果奖近300项，包括国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖3项、国家科技进步三等奖1项。获国家重点研发项目多项，医院重大原创科研成果亮相国家科技创新成就展，接受党和国家领导人的检阅。医院新冠疫情科技贡献排名全球医院第3，多篇原创科技论文发表在《自然》《细胞》《柳叶刀》《循环》《美国科学院院报》等世界顶级杂志上。中国卓越科技论文数位居全国第6，SCI论文数位居全国第15，心血管内科学科活跃度位居全球医院第4，统计源论文数位居全国医院第4。

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