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医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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主院区（首义院区）位于武昌张之洞路，开放病床3880张，建有国际一流、功能完善的门诊和住院大楼，手术室均为净化层流到百级或千级标准，重症监护室、导管室等均设备先进、管理一流，PET/CT、PET/MRI、Revolution CT、大孔径静音MRI、IGRT肿瘤放疗直线加速器等国际先进医疗设备一应俱全。东院区（光谷院区）位于武汉东湖新技术开发区的“中国光谷”，按照高新科技化、人文化、山水园林化和国际化标准建设，开放病床1808张。洪山院区是湖北省重大疫情救治基地，着眼建设世界一流的综合医疗中心、以人为本的花园疗养胜地、面向未来的国际研究基地，设计病床1000张，将于2024年投入使用。

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