医院拥有优越的研究平台和软硬件条件，设有国家重点实验室（临床病毒实验室）、国家中医药重点实验室（心电生理、消化病学、中药药剂）、国家药物临床试验机构（32个专业）、国家临床医学研究中心分中心（精神心理、放射与治疗、慢性肾病、眼耳鼻喉），组建了以国家大鼠基因工程资源中心、湖北省模式动物中心、临床分子诊断中心、分子影像研究中心、转化医学中心为代表的一大批顶尖临床科研机构，拥有质谱仪、高通量测序仪、共聚焦显微镜、流式细胞分析仪、透射电镜等多种大型先进的设备仪器。

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医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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