医院以人体器官和系统为中心设置、以国家级重点学科和国家临床重点建设专科为核心，组建成立心血管医院、神经精神医院、眼耳鼻喉医院、消化医院、泌尿肾科医院等5大“院中院”。这一重大改革创新举措，不仅实现了“内外兼修”“强强联合”，更能以器官和系统为中心，向“精而强”的方向发展，向人民群众提供更加优质、高效、精准、便捷的“一站式”集成健康医疗服务，为集中医院优势学科打造特色学科群、打造国家及区域一流医疗中心奠定坚实基础。

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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心血管外科

医院坚持面向人民生命健康的国家战略，以融合创新为引擎，积极与武汉大学等校内外科研院所合作，共建跨学科融合医学研究中心，先后成立全球首个医学遥感信息研究院，全国医院首个医工融合研究院、公共卫生研究院、分子医学研究院、医学人工智能研究院、医学与物理研究院，7位两院院士、70余位国家级人才进驻医院交叉融合创新平台，共同推进“医学+”多学科交叉创新体系建设，培养具有国际视野、前瞻思维、学科交叉创新意识的创新团队和创新人才，以高端人才技术的集合优势攻关迫切需要解决的临床难题，为“健康中国”建设注入科技新动能。

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心胸外科

医院配备有大批高端医疗设备，包括德国西门子核磁共振、荷兰飞利浦超高端四维彩超、美国GE彩色多普勒超声仪、意大利数字减影血管造影机、DR数字照相系统、日本奥林巴斯高清晰电子胃肠镜、美国伟伦胆道镜、德国狼牌胸腔镜、日本全自动生化分析仪、美国雅培全自动化学发光分析仪、高档全套手术设备等，为患者提供准确、便捷的检查和治疗。

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