医院入选“国家疑难病症诊治能力提升工程”“国家中西医协同旗舰医院”，是国家首批“外科基础技能提升项目基地医院”。心血管内科学为国家级重点学科，心血管内科、消化内科、肾病内科、神经内科、胸外科、神经外科、耳鼻咽喉-头颈外科、精神医学科、眼科、检验医学科、临床护理为国家临床重点专科。临床医学一级学科为湖北省重点学科，心血管疾病专科（心内科、心外科）、神经疾病专科（神经内科、神经外科）、眼科为武汉市建设国家医疗服务中心的国家或省级重点建设专科。

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医院亦是武汉大学第一临床学院，建有国家人事部批准的临床医学博士后流动站，国务院学位委员会批准的临床医学一级学科博士点，临床医学、生物医学工程学、口腔医学、药学、中药学、护理学等6个一级学科硕士点。

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医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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