医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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医院坚持面向人民生命健康的国家战略，以融合创新为引擎，积极与武汉大学等校内外科研院所合作，共建跨学科融合医学研究中心，先后成立全球首个医学遥感信息研究院，全国医院首个医工融合研究院、公共卫生研究院、分子医学研究院、医学人工智能研究院、医学与物理研究院，7位两院院士、70余位国家级人才进驻医院交叉融合创新平台，共同推进“医学+”多学科交叉创新体系建设，培养具有国际视野、前瞻思维、学科交叉创新意识的创新团队和创新人才，以高端人才技术的集合优势攻关迫切需要解决的临床难题，为“健康中国”建设注入科技新动能。

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