医院拥有优越的研究平台和软硬件条件，设有国家重点实验室（临床病毒实验室）、国家中医药重点实验室（心电生理、消化病学、中药药剂）、国家药物临床试验机构（32个专业）、国家临床医学研究中心分中心（精神心理、放射与治疗、慢性肾病、眼耳鼻喉），组建了以国家大鼠基因工程资源中心、湖北省模式动物中心、临床分子诊断中心、分子影像研究中心、转化医学中心为代表的一大批顶尖临床科研机构，拥有质谱仪、高通量测序仪、共聚焦显微镜、流式细胞分析仪、透射电镜等多种大型先进的设备仪器。

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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