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深圳市人民医院始建于1946年，前身系宝安县卫生院，解放后更名为宝安县人民医院，亦称“留医部”，1979年更名为深圳市人民医院。1994年被评为深圳首家“三级甲等”医院，1996年经国务院侨办批准成为暨南大学医学院第二附属医院，2005年升格为暨南大学第二临床医学院，2018年挂牌南方科技大学第一附属医院。医院目前共有院本部、龙华分院、坂田院区、一门诊和大鹏转化医学协同创新中心，现已发展成为功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医教研为一体的现代化综合性医院。

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医院现有临床、医技科室35个，开放病区76个，设置床位3000张；年门诊量200万人次，出院病人10万人次，手术4.5万例。医院拥有国内外大中型先进医疗设备百余台（套），引进PET-CT、引进3.0T超导核磁共振、GE-256排螺旋CT、医用直线加速器、高强度超声聚焦刀、氩氦刀等。

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2021年国自然立项31项，其中面上项目13项，青年基金项目18项，资助经费达1172万元，连续三年位居全市医疗卫生机构第一。2021年医院以第一作者或通讯作者共发表SCI学术论文总数426篇，其中中科院一区59篇，中科院二区159篇；以第一作者单位或通讯作者单位发表自然指数期刊9篇。2022年以我院为第一或通讯SCI论文共497篇，总影响因子3638；其中，中科院1区论文77篇，2区论文177篇，自然指数期刊4篇，在LANCET MICROBE，The Lancet. Infectious diseases，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，Molecular cancer等高水平期刊上发表数篇论文。

医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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医院在“国考”及四大全国医院排行榜中稳中有进，2022年最高位列全国第7位。2022年度中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）”排行榜中，医院3大学科排名全国前10，科技产出排名全国医院第3名。2022年度《中国医院创新转化排行榜》上，医院荣获“全国进步最快榜单第1名”“专利授权量榜单第7名”“专利申请量榜单第8名”等多个全国前十奖项。