医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心

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儿科

医院在职职工3000余人，高级职称527人；引进和培养硕士824、博士研究生46人。拥有江淮名医3人，二级教授2人，皖西名医35人；拥有安徽医科大学博士生导师5人：孙良业（骨科学）、邵松（骨科学），刘正东（重症医学科），李光远（泌尿外科），李仁虎（麻醉科）；硕士生导师97人。安徽医科大学、蚌埠医科大学、皖南医学院兼职教授52人。有60人余人在省级学会各专业委员会担任职务；市级专业委员会主任委员25人。

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神经内科

病理科年病理量13万余例，其中常规活体标本检查7万余例，术中快速冰冻病理学检查8000多例，院外疑难病理会诊4000多例，细胞病理学检查近5万例，医疗辐射能力覆盖全国32个省、市、自治区、直辖市。近年来，全面重塑临床服务能力，保证病理诊断准确规范及时：常规诊断报告准确率99.91%，术中快速诊断准确率98.09%，常规病理报告3个工作日内发出比例97.45%，均超过三甲医院标准。始终把质量控制工作作为科室的首要工作之一，近年来参加NordiQC、PQCC、CNAS、CCPI、CCP、湖北省病理科医疗质量控制中心等组织的相关室间质评，通过率100%，已获得国际级、国家级及省级质量控制认证

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消化内科

医院有首义、光谷、洪山等多个院区，设置涵盖现代临床医学的各个临床医技科室127个，位居全国前列。医疗服务辐射到全国乃至海外，2021年医院门诊量580万，位居全国第8，开放病床5688张，位居全国第10。

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