2015年起全面实施亚专科培养模式，已建立甲状腺乳腺疾病、淋巴造血系统疾病、胃肠消化系统疾病、女性生殖系统疾病、呼吸系统疾病、泌尿及男性生殖系统疾病、头颈部病理、中枢神经系统疾病、软组织肿瘤、皮肤病理、骨组织病理、细胞学、器官移植病理、分子病理等病理亚专科，其中乳腺疾病和感染疾病病理亚专科为中华医学会病理分会亚专科学组委员单位，脑胶质瘤和呼吸系统疾病亚专科为中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会亚专科委员单位。已形成了一个较为完善的病理形态—免疫组化—分子病理综合病理诊断平台，满足了临床个体化治疗。

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医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一

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