医院以人体器官和系统为中心设置、以国家级重点学科和国家临床重点建设专科为核心，组建成立心血管医院、神经精神医院、眼耳鼻喉医院、消化医院、泌尿肾科医院等5大“院中院”。这一重大改革创新举措，不仅实现了“内外兼修”“强强联合”，更能以器官和系统为中心，向“精而强”的方向发展，向人民群众提供更加优质、高效、精准、便捷的“一站式”集成健康医疗服务，为集中医院优势学科打造特色学科群、打造国家及区域一流医疗中心奠定坚实基础。

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肝胆外科

医院与德国纽伦堡大学医学院、不莱梅港中心医院、英国伦敦大学、英国爱丁堡大学、加拿大西大略大学器官移植中心、美国休斯敦卫理公会医院、法国里尔大学医疗中心、韩国全南大学校病院、韩国大田宣医院、南非开普敦大学格鲁特舒尔医院建立起长期合作与交流平台，缔结友好医院。

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泌尿外科

本学科开展常规病理检查、术中冰冻切片快速病理检查、快速石蜡病理检查、细胞蜡块病理学检查、器官移植病理学检查、液基及脱落细胞病理学检查、免疫组织化学、特殊染色、原位杂交、荧光原位杂交（FISH）、远程会诊、邮寄会诊等业务。

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血液内科

医院专业科室设置齐全，设有门诊部、中医科、检验科、放射科、彩超室、体检科等科室。病区分为消化病区、脑血管病区、心血管病区、呼吸病区、安宁疗护病区、骨科病区、妇产科病区等30多个医疗业务科室。现有职工444人，其中高级职称72人，中级职称102人。

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急诊科

医院拥有3个广东省工程技术研究中心、4个研究所、6个深圳市医学重点实验室、5个深圳市工程技术研发中心，是国家级临床药物试验机构，干细胞临床研究机构，国家医疗器械试验机构。医院与广州呼吸健康研究院钟南山院士呼吸疾病团队等25家知名学科团队签订“三名工程”合作协议。

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神经内科

在湖北省内率先开展了术中快速免疫组化病理学检查。常规免疫组化染色方法步骤繁琐，耗时长，不适用于冰冻诊断。术中快速免疫组化病理学检查技术只需10-15min即可完成染色，大幅度缩短操作时间，把免疫组化技术真正用于术中快速病理诊断中，提高术中快速冰冻切片诊断的准确率，减少误诊。

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