近年来，医院先后开展和协作参与国家级、省部级科研课题项目10余项，校厅级科研项目60项，市级科研项目数61项，发表SCI论文40余篇，核心期刊200余篇。申报及中标国家自然科学基金、省自然科学基金、省教育基金、省中医药科研、省妇儿科研课题、省全科医学科科研课题等16项。每年有90多项新技术、新项目通过论证审核，年承担国家、省、市级继续教育项目80余项。

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学院获批国家“万人计划”教学名师，是首批国家临床教学培训示范中心、国家卫生专业技术资格考试试题开发基地，通过教育部临床医学专业国际认证，获评“全国党建工作样板支部”“全国最美大学生”“全国优秀全科专业住院医师规范化培训基地”等多项国家级荣誉。

近十年来，医院承担了国家及省部级科研项目1500余项，获科技成果奖近300项，包括国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖3项、国家科技进步三等奖1项。获国家重点研发项目多项，医院重大原创科研成果亮相国家科技创新成就展，接受党和国家领导人的检阅。医院新冠疫情科技贡献排名全球医院第3，多篇原创科技论文发表在《自然》《细胞》《柳叶刀》《循环》《美国科学院院报》等世界顶级杂志上。中国卓越科技论文数位居全国第6，SCI论文数位居全国第15，心血管内科学科活跃度位居全球医院第4，统计源论文数位居全国医院第4。

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病理科年病理量13万余例，其中常规活体标本检查7万余例，术中快速冰冻病理学检查8000多例，院外疑难病理会诊4000多例，细胞病理学检查近5万例，医疗辐射能力覆盖全国32个省、市、自治区、直辖市。近年来，全面重塑临床服务能力，保证病理诊断准确规范及时：常规诊断报告准确率99.91%，术中快速诊断准确率98.09%，常规病理报告3个工作日内发出比例97.45%，均超过三甲医院标准。始终把质量控制工作作为科室的首要工作之一，近年来参加NordiQC、PQCC、CNAS、CCPI、CCP、湖北省病理科医疗质量控制中心等组织的相关室间质评，通过率100%，已获得国际级、国家级及省级质量控制认证8

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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