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儿科成立于1952年，有着辉煌而悠久的历史。几任儿科主任都是在儿科学界享有盛誉和广泛影响力的专家，其中周华康教授是首都儿科研究所的创始人之一，袁承文教授曾担任《中华儿科杂志》的副主编，儿科也曾获得北京市级的先进集体奖励。经过几代医学专家及全体医务人员的共同努力，儿科得到全面发展，2001年成为国家重点学科，尤其以血液、神经及新生儿专业为特色专业。儿科门急诊24小时开放，诊治16岁以下儿童及青少年。各专业均设有专家门诊，具体参阅专家布告栏。

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2021年国自然立项31项，其中面上项目13项，青年基金项目18项，资助经费达1172万元，连续三年位居全市医疗卫生机构第一。2021年医院以第一作者或通讯作者共发表SCI学术论文总数426篇，其中中科院一区59篇，中科院二区159篇；以第一作者单位或通讯作者单位发表自然指数期刊9篇。2022年以我院为第一或通讯SCI论文共497篇，总影响因子3638；其中，中科院1区论文77篇，2区论文177篇，自然指数期刊4篇，在LANCET MICROBE，The Lancet. Infectious diseases，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，Molecular cancer等高水平期刊上发表数篇论文。

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