医院以人体器官和系统为中心设置、以国家级重点学科和国家临床重点建设专科为核心，组建成立心血管医院、神经精神医院、眼耳鼻喉医院、消化医院、泌尿肾科医院等5大“院中院”。这一重大改革创新举措，不仅实现了“内外兼修”“强强联合”，更能以器官和系统为中心，向“精而强”的方向发展，向人民群众提供更加优质、高效、精准、便捷的“一站式”集成健康医疗服务，为集中医院优势学科打造特色学科群、打造国家及区域一流医疗中心奠定坚实基础。

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普通外科

医院在“国考”及四大全国医院排行榜中稳中有进，2022年最高位列全国第7位。2022年度中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）”排行榜中，医院3大学科排名全国前10，科技产出排名全国医院第3名。2022年度《中国医院创新转化排行榜》上，医院荣获“全国进步最快榜单第1名”“专利授权量榜单第7名”“专利申请量榜单第8名”等多个全国前十奖项。

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内分泌科

医院在微创诊疗、器官移植、生殖医学、心身医学、智慧医疗等领域贡献卓越，在医学史上创造了许多世界纪录、亚洲纪录和中国记录，心、肾、肺移植例数分别位居全国第4、2、7位。

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乳腺外科

重点发展Ⅳ类手术、介入手术、微创手术等。开展了腔镜甲状腺癌根治术、腹腔镜下肝叶切除术、椎间孔镜下腰椎间盘切除-椎管扩大成形-椎间植骨融合钉棒内固定术、单边双通道内镜（UBE）下腰椎间盘切除-椎管扩大成形-椎间植骨融合钉棒内固定术、微波消融技术在骨肿瘤手术中的应用、经导管主动脉瓣膜植入术、CT下肺部肿瘤微波消融术、荧光腔镜精准肺段切除术、FFR（血流储备分数）指导下的冠脉血运重建和冠脉介入治疗、介入治疗联合氩氦刀冷冻消融治疗在肝癌中的应用、腹腔镜下儿童腹部先天性肿瘤切除术等。

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心血管外科

医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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